有机肥料的特点有：①原料来源广，数量大。常用的原料有植物性物质，包括各种野生的草本和灌木植物物质、林木的枯枝落叶、作物的茎秆和绿肥作物等；动物性物质，主要是人、家禽、牲畜的排泄物；某些工业和日常生活中的废弃物，如屠宰场的废弃物和生活垃圾等；以及江湖河海中的沉积淤泥等。②养分全，含量低。除氮、磷、钾三要素外，还含有次要的养分（钙、镁和硫）和微量养分（硼、钼、锰、铁、锌、铜）。因原料、积制和贮存的方法和时间不同，养分含量的变幅很大。常需与化学肥料配合施用。③肥效迟而长。养分主要以有机化合物形态存在，需经微生物分解转化后才能为植物吸收。④改土培肥效果好。自然肥料因含有大量有机物质，长期使用能提高土壤有机质含量，改善土壤通透性，增加土壤阳离子交换量，增强土壤的缓冲性能，对于改善某些极端土壤（砂土、黏土、酸性土、盐土、碱土）的不良性质和提高一般土壤的肥力水平都有良好效果。

常用的自然肥料品种有：绿肥、人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥、废弃物肥料等。其中，废弃物肥料是以各种废弃物和生物有机残体为主的一类肥料。有生活垃圾、屠宰场废弃物、生活污水、海肥等类别。其养分含量因类别不同而有很大差异。屠宰场废弃物是由废弃的畜禽血液、角蹄、皮革等制成的细粉，可直接施用或发酵成沼气后施用。血粉易分解，肥效迅速，一般用作追肥和种肥。如作种肥，宜先将种子浸湿后撒入血粉，再拌入少量肥沃泥土以免引起病害。角蹄和皮革粉均富含氮素，但不易分解，一般混入人粪尿或堆、厩肥中堆沤，待腐烂后施用，可作基肥、追肥或水稻蘸秧根肥。人类日常生活中的各种污水，其养分平均含量：氮为39～45毫克/升、磷（P₂O₅）为8.5～18毫克/升、钾（K₂O）为13～21毫克/升。生活污水的性质和稀释的人粪尿相似，含有较多的寄生虫卵、病菌、悬浮物、氯化物等有害物质。需经沉淀池沉淀净化处理后方可结合农田灌溉施用。

其他种类有机肥包括传统的泥肥、熏土、炕土、糟渣肥和饼肥等。在中国部分地区仍有使用。其中泥肥即湖、塘、沟、河中的肥沃淤泥，主要由雨水冲刷夹带而来的细表土、腐烂的有机物、无机盐、枯枝落叶等汇流到水底，加上水生动植物的排泄物和遗体，经嫌气微生物分解而成。由于形成的地区和材料来源等的不同，养分差异很大，且分解程度差，施用前须经存放和晾干，以促进养分转化和消除还原性有害物质。一般用作基肥。糟渣包括酒糟、粉渣、豆腐渣等农产品加工中所产生的各种残渣。饼肥由各种含油分较多的种子经压榨去油后的残渣制成，如大豆饼、菜子饼、芝麻饼、花生饼、棉子饼和蓖麻饼等，富含蛋白质和油脂、脂溶性维生素，也是营养价值较高的饲料。

为符合农业生产需要，一般有机肥料加工需要符合相应养分标准和重金属限量指标。中国依据的养分标准见表1，重金属限量标准见表2。

由于有机肥料体积大、含水量高、养分含量低和施用量大，因而只适宜就地取材、就地积制和就地施用。