《非洲人权和民族权宪章》规定，非洲人权和民族权委员会负责确保其规定的权利得到保护和促进，但委员会未能充分地履行其职责。1998年6月，非洲统一组织（2002年更名为非洲联盟）在布基纳法索首都奥加多果通过了关于建立非洲人权和民族权法院的《非洲人权和民族权宪章议定书》，该议定书于2004年1月生效，截至2021年4月，有31个缔约国。法院于2006年1月成立，设在坦桑尼亚阿鲁沙。法院由非洲联盟大会选举的11名法官组成，法官以个人身份任职，任期6年，可连任一次。法院对《非洲人权和民族权宪章议定书》缔约国有管辖权，管辖范围包括有关《非洲人权和民族权宪章》及其议定书以及所涉国家批准的任何其他人权条约的解释和适用的案件和争端。《非洲人权和民族权宪章议定书》的缔约国、非洲人权和民族权委员会、非洲的政府间组织、在非洲人权和民族权委员会具有谘商地位的非政府组织以及个人可向法院提出申诉，但非政府组织和个人提出申诉以被申诉国声明接受法院受理此类申诉为条件。法院还有咨询管辖权，非洲联盟、非洲联盟成员国和机关以及非洲联盟承认的任何非洲组织均可请求法院出具咨询意见。

2004年7月，非洲联盟决定将非洲人权和民族权法院与非洲法院合并为非洲法院和人权法院，并于2008年7月通过了《有关非洲法院和人权法院规约附加议定书》。非洲法院和人权法院将于15个国家批准该议定书之后成立，成为非洲联盟的主要司法机关。