2006年之前，联合国的主要人权机构是1946年设立、作为经济及社会理事会的职司委员会之一的人权委员会。20世纪90年代以后，人权委员会日益受到政治化、双重标准等问题的困扰，无法有效地履行其职责。2005年，联合国秘书长K.安南建议将人权委员会改组成人权理事会。2006年3月15日，联合国大会通过决议，决定设立取代人权委员会、作为联合国大会附属机构的人权理事会。

人权理事会有47个席位，按照地域公平分配：非洲国家集团13个、亚洲国家集团13个、东欧国家集团6个、拉丁美洲和加勒比国家集团8个、西欧和其他国家集团7个。每个成员国由联合国大会通过无记名投票、以会员国过半数同意直接选举产生，任期3年，在连续2任后必须时隔2年才有资格再次当选。

按照第60届联合国大会决议的规定，人权理事会每年应召开不少于3届会议，总会期不少于10周，并可在需要时举行特别会议。人权理事会首次会议于2006年6月召开。2007年，人权理事会通过了指导其工作和设立程序与机制的“体制建设一揽子计划”。2011年，人权理事会经审查，决定维持其基本工作和运行模式不变。

人权理事会的主要机制有普遍定期审议、咨询委员会、特别程序和申诉程序，还设有若干附属机构和开放式工作组。普遍定期审议机制是联合国大会为人权理事会创设的独特机制，旨在确保平等地评估每个国家的人权状况，提醒各国有责任全面尊重并实施所有人权，改善各国的人权状况，并设法解决在任何地方发生的侵犯人权事件。根据这一机制，全体联合国会员国均需定期（每4年或4年半）向人权理事会提交报告，说明其为改善国内人权状况而采取的行动及其履行人权义务的情况，并接受人权理事会的审议。

咨询委员会、特别程序和申诉程序是人权理事会从人权委员会继承的机制。咨询委员会取代了人权委员会的增进和保护人权小组委员会，行使理事会智囊团的职能，在理事会的指导下，为人权理事会提供专业知识和建议，主要侧重于研究报告和根据调研提出的咨询意见。咨询委员会由代表世界各地区、具有不同专业背景的18名独立专家组成，每年召开两届会议。

特别程序是由特别报告员、特别代表、独立专家和工作组组成的独立人权专家机制，旨在从专题角度或国别角度对人权问题提供建议和报告，涵盖公民、文化、经济、政治和社会等多方面的人权问题，其活动包括开展国家访问，通过发函或转发来文提请各国及其他行为者关注据称侵犯人权的案件以及更广泛的结构性问题，撰写专题报告和组织专家讨论会，促进国际人权标准的发展完善，从事宣传活动，提高公众意识，为技术合作提供咨询意见等。

申诉程序旨在处理世界任何地方在任何情况下发生的一贯严重侵犯人权且得到可靠证实的情况，受理由个人、团体、声称是人权侵犯受害者或掌握与该类侵犯相关的直接可靠信息的非政府组织提交的来文，具体工作由来文工作组和情况工作组负责。申诉程序是保密的，以加强与相关国家的合作。