第一次世界大战后，菲律宾工农运动日益高涨。马克思主义在工人运动中的传播，导致1924年工人党的成立。它为菲律宾共产党的建立准备了条件。在以C.埃万赫利斯塔为首的马克思主义者的宣传和组织下，菲律宾共产党于1930年8月26日在马尼拉成立。党中央委员会主席A.奥拉，埃万赫利斯塔任总书记。10月制定党章。11月7日在马尼拉召开的群众大会上，正式宣布党的成立。1931年5月9～10日，举行菲律宾共产党第一次代表大会，通过《致菲律宾群岛全体劳动者书》，阐明党的任务和目的，宣布党的最低纲领是推翻帝国主义和封建主义的统治，建立一个独立、民主的菲律宾。

美菲殖民当局以煽动和非法集会为名，陆续逮捕菲共的领导人。1932年10月最高法院宣布菲共非法。菲共转入地下，开展工农运动。1936年底，为取得劳工的支持，菲律宾自治政府释放菲共领导人，并允许菲共公开活动。1938年11月7日，菲共与菲律宾社会党合并，仍称菲律宾共产党。太平洋战争爆发后，日军占领菲律宾，菲共领导人埃万赫利斯塔等被捕或遭杀害，新的中央领导重建党组织并开展抗日武装斗争。1942年3月建立菲律宾人民抗日军，进行游击战。

1945年日本投降后，美国重新占领菲律宾。菲共建立“劳工组织大会”、全国农民协会和统一战线组织——“民主同盟”，开展工农运动和争取独立的群众运动。1946年2月下旬，菲共召开党的第四次代表大会，选出以P.卡斯特罗为总书记的党中央。翌年，M.巴尔哥斯接任总书记。1946年7月菲律宾宣布独立后，美国与菲律宾统治集团企图消灭菲共及其武装部队，菲共被迫重新开展武装自卫斗争。1948年建立人民解放军。同年3月6日，罗哈斯政府（1946～1948）宣布人民抗日军和全国农民协会为非法组织，进行大规模镇压。1950年，菲共中央政治局扩大会议认为菲律宾已出现革命形势，决定发动军事进攻，并攻占一些城镇。麦格赛赛出任总统后，菲律宾政府采用剿抚兼施的手段，菲共及其武装队伍处境日益艰难。1957年6月20日，菲律宾总统加西亚颁布《反颠覆法》，取缔菲共和人民解放军，菲共领袖遭杀害或被捕。

1968年12月，菲共（马列派）召开重建代表大会，组成新的党中央，并通过《纠正错误，重新建党》《人民民主革命纲领》和新党章等文件。1969年3月，建立新人民军，进行武装斗争。菲共（马列派）长期处于地下状态。20世纪70年代，新菲共中央和新人民军的主要领导人先后被捕，活动受挫。以马卡帕加尔为首的主张走议会道路的另一派菲律宾共产党人，于1974年与菲律宾政府和解，成为合法的共产党。80年代中期，新人民军拥有1.5万人的兵力，在全国73个省中的63个省建有战斗基地，游击活动一度加强。科拉松·阿基诺执政后，新菲共势力有所减弱。1986年8月新菲共领导的全国民主阵线与政府举行和谈，11月达成停火协议。翌年2月协议到期后，双方重开战火。1992年9月，F.拉莫斯总统下令废除《反颠覆法》，承认菲共为公开合法政党，准予参加全国大选。但新人民军并未停止在贫困地区的游击活动。2002年，菲政府宣布新人民军为恐怖组织。2003年底，菲政府与菲共领导的全国民主阵线进行非正式接触，并开始和谈。

2004年2月和谈重启，但由于美国政府将菲共及其武装列入“恐怖组织”名单，导致导致谈判陷入停顿。2016年8月26日，菲律宾总统杜特尔特派出和谈小组同菲共在奥斯陆达成十点共识，包括无限期停火、赦免政治犯、加快政治解决进程等。但由于双方立场差异较大且不时爆发冲突，和谈再度陷于停滞。