被测定目标可以是酶的底物、底物类似物、酶的活化剂或抑制剂等。常用的有酶抑制法、酶免疫分析法和酶生物传感器法。

酶抑制法。酶催化底物后，催化产物可与显色剂反应产生颜色，如果水产样品中含有抑制酶活性的被测物质，加入样品后会抑制酶活性，使酶无法水解底物，从而无显色反应。

酶免疫分析法。将酶标记在抗原/抗体分子上形成酶标抗原/酶标抗体，水产品中的被测物质与酶标抗原/酶标抗体结合，酶作用于底物后能呈现出颜色，通过测定产物的颜色来计算被测物质的含量。

酶生物传感器法。酶生物传感器一般被制备成酶电极，酶电极是将很薄的一层含酶凝胶覆盖在电极敏感膜表面组成的离子选择电极，在对水产样品中某种物质检测时，此物质向膜扩散，在酶的催化作用下发生反应，其酶催化产物可以被离子选择电极转化为相应的电势值，从而反应水产样品中某种物质的浓度。

酶学检测技术应用范围较广，可用于检测水产品中农兽药、生物毒素、致病微生物等。