世界自然保护联盟2000年2月在瑞士通过的《防止生物入侵而造成的生物多样性损失》中指出：“千万年来，海洋、山脉、河流和沙漠为珍稀物种和生态系统的演变提供了隔离性天然障碍。近几百年间，这些障碍受到全球变化的影响已变得无效，外来入侵物种远涉重洋到达新的生境和栖息地，并成为外来入侵种。”

渔业生物入侵造成的危害主要有四个方面。

对生态环境的影响。渔业生物入侵种通过竞争或占据本地物种生态位，排挤本地种；或与当地种竞争食物；或直接扼杀当地物种；或分泌释放化学物质，抑制其他物种生长，减少当地物种的种类和数量，甚至导致物种濒危或灭绝。如水葫芦原产南美，已被列为世界十大害草之一。20世纪50年代，为解决猪饲料问题，中国特地从南美引进，随着饲料工业的发展和猪饲喂方式的改变，不再采用含水量高、食用成分少的水葫芦作饲料，于是水葫芦泛滥成灾，堵塞河道，影响航行、排灌和水产品养殖。水葫芦引入滇池后，由于滇池水质过肥，疯长成灾以至于滇池内连绵1000公顷的水面全面生长着水葫芦，严重破坏了滇池水生生态系统的结构和功能，导致大量水生动植物死亡，污染湖泊水的环境。

对生物多样性的影响。渔业生物入侵可导致本地生物多样性的丧失。由于新生环境缺乏能制约外来入侵种繁殖的自然天敌及其他制约因素，使其迅速蔓延，大量扩张，形成单一优势种群，危及本地物种的生存，导致本地物种的消失与灭绝。如云南大理洱海原产鱼类17种，大多为洱海特有，并具有重要的经济价值。后人为有意无意地引入13个外来种后，外来种与土著种争食，争产卵场并吞食土著种的鱼卵等，破坏了原有生态系统的平衡，17种土著鱼类已有5种陷入濒危状态。疆塔里木河进行鱼类引入，使原来只有15种鱼类的塔里木河增至41种。由于引入的外来种与原有的土著种在空间、食物占有等方面发生剧烈竞争，从而威胁到原来土著种的生存，其中新疆大头鱼（Aspiorhynchus laticeps）和塔里木裂腹鱼（Schizothorax biadulphi）数量急剧减少，分布范围变小，处于濒危状态。罗非鱼在珠江广州河段大量繁殖形成种群，严重侵占本地物种生态位，使土著鱼种失去生存空间，导致生物多样性下降。渔业生物入侵物种另外一个更难察觉的影响是污染当地的遗传多样性。如从美国引进的红鲍（Haliotis rufescens）和绿鲍（Haliotis fulgens），在一定条件下能和中国本地种皱纹盘鲍杂交，在实验室条件下已经获得了杂交后代，如果这样的杂交后代在自然条件下成熟繁殖，与本地种更易杂交，结果必将对中国的遗传资源造成污染。

对经济利益的影响。生态灾害频繁暴发，带来直接和间接的巨大经济损失。渔业生物入侵物种在适宜的生态和气候条件下，疯狂生长，可使生态灾害频繁暴发，对农、林、渔业造成严重的损害，如水葫芦等恣意蔓延等。

对人类健康的影响。全球经济一体化带来了许多新的医学问题，其中一些是渔业生物入侵物种带来的。全球化会使那些对人类有害的病原生物的影响范围进一步扩大。如大瓶螺等，是人畜共患寄生虫病的中间宿主。渤海湾2003年暴发的大面积赤潮，经鉴定属于潮异弯藻、夜光藻和球形棕囊藻等外来藻类过度繁殖引发的赤潮，严重影响了渤海的水环境质量。渔业生物入侵物种对本土渔业生物物种生存构成危害的同时，对水环境质量和人类健康也造成严重威胁。与人类对环境的破坏不同，渔业生物入侵物种对生态系统的破坏及威胁是长期的、持久的。当人类停止对某一环境的污染后，该环境会逐渐恢复，而当渔业生物入侵物种入侵后，即使停止继续引进，已传入的渔业生物入侵物种个体并不会自动消失，而会继续大肆繁殖和扩散，这时要控制或清除往往十分困难。用于控制其危害、扩散蔓延的防治代价大，费用极为昂贵。而由于渔业生物入侵物种的排斥、竞争导致灭绝的本地特有物种则是不可恢复的。