渔业生物物种保护最初起源于野生动物多样性保护的思想。自1973年《濒危野生动植物种国际贸易公约》签订以来，国际上签署了一系列国际公约，其目的都是为保护生物多样性、实现生物资料的可持续利用。以1992年在巴西里约热内卢召开的联合国环境与发展大会上签署的《生物多样性公约》为开端，标志着全球达成了生物多样性保护的共识。中国对生物多样性保护给予了积极回应，1990年中国科学院成立生物多样性工作组，随后相继发布了《中国21世纪议程》和《中国生物多样性保护行动计划》。具体到渔业生物多样性保护领域，中国先后颁布了《水产资源繁殖保护条例》《中华人民共和国渔业法》《中华人民共和国水生野生动物保护实施条例》《中国水生生物资源养护行动纲要》《水产种质资源保护区划定工作规范（试行）》等，对渔业生物物种保护工作起到了推动和引导作用。

依据渔业生物物种的实际资源量和受威胁程度，相应的保护工作分为抢救性保护技术和以系统研究并重的综合保护技术。抢救性保护针对受威胁程度相对较大或濒临灭绝的渔业生物，包括就地保护、迁地保护。综合保护针对受威胁程度相对较小的渔业生物，以系统研究为主，通过种质资源长期保存而实现保护，如离体保护。中国有很多渔业生物物种长期受到人类活动影响而资源量日益缩减，已开展的渔业生物物种保护与研究工作的物种包括长江江豚、白𬶨豚、中华鲟、裸鲤等。所运用的物种保护技术都不止一种，而是对就地保护、迁地保护、离体保护及软环境建设的综合使用，在初步实现物种种群短期稳定的基础上，建立对物种的长效保护机制。

就地保护指对渔业生物物种及其所在的自然栖息地一同施以保护，以保证在此栖息地环境中渔业生物物种的繁殖与进化，并在最佳条件下复壮种群。就地保护的目的不仅在于保护栖息地中的个体、种群或群落，同时还维持所在区域生态系统中能量和物质循环的过程，保证物种正常发育与进化，维持物种与其环境间的生态学过程，保护物种原栖息条件下的生存能力和种内遗传变异。开展渔业生物物种的就地保护工作，先要掌握物种的受胁原因。对于因人为捕捞所导致种群衰减的物种，可通过行政干预、立法等措施减少干扰，通过禁渔使其种群逐步自然恢复。对于因栖息地丧失或破坏而导致种群衰减的物种，则要对其栖息地环境进行保护。这类就地保护往往通过建立保护区，使濒危物种有一个休养生息的空间。保护区可以是自然保护区、风景名胜区等形式，例如已划立的水生生物自然保护区、水产种质资源保护区都可以作为就地保护区域。所建立的保护区必须整体规划、科学管理，划分核心区或点、缓冲区、生境廊道等，并设定不同管理级别和管理内容，颁布保护管理条例。渔业生物的就地保护过程中，要针对保护物种的受胁原因进行相应的环境修复工作，监测修复后保护物种的种群恢复过程，评估恢复效果，重新调整不合适的管理内容。此外，就地保护不应仅限于管理部门，还应积极宣传实现全民参与（见渔业生物就地保护）。

迁地保护指通过人为努力，将受保护渔业生物的一部分种群迁移到适当的地方，加以人工管理和繁殖，逐步发展其种群。迁地保护的目的是复壮种群而不是代替野生种群，通过迁地饲养下繁殖建立的种群，可作为未来复壮甚至重建该物种野生种群的储备。对渔业生物实施迁地保护应遵循以下实施条件：保护物种原有栖息地破碎成斑块状，或原有栖息地不复存在；保护物种的数量下降到极低水平，个体难以找到配偶；保护物种的种群数量尚未达到最小种群，否则会加速该物种的灭绝速度。渔业生物迁地保护主要有两种方式：①将物种迁移到其他自然水域环境中，通过建立异地保护区来达到恢复种群的目的。②将物种迁移到人工环境中，如水族馆、保护基地或繁育中心，通过人工实施模拟其原先生存环境而实现种群恢复。前一方式中新迁移环境很难与物种原栖息地环境一致，而且自然环境条件变化又难以控制，其保护效果难以预测。后一方式则有较多的人工抚育，易于开展研究工作，是一种保护效果较好的方式。开展渔业生物迁地保护工作前，应了解保护物种的生物学及生态学特性，为捕捞、运输、检疫、驯养、繁育等环节做好准备（见渔业生物迁地保护）。

离体保护指利用现代技术，特别是低温技术，将渔业生物体的一部分长期贮存以保存物种种质。离体保护的目的不仅在于保护渔业生物种质资源和生物多样性，也是为种质资源有效开发和利用提供前提条件。常用的方法是从细胞水平和分子水平上进行保存。细胞水平上，如配子保存、胚胎保存和细胞系保存。分子水平上，如基因组DNA保存、基因组文库保存、cDNA文库保存和DNA芯片保存。任何一种鱼类种质保存方法都不是孤立的，而是相互依靠的。选择最有效的保存方法，才能更好地保护和利用渔业生物种质资源。

为更好地保障渔业生物物种保护工作开展，软环境的建设也是十分必要的。建立和完善全国层面的渔业生物物种资料数据库体系、资源公共信息网络和基础数据平台；建立完善渔业生物物种资源法规制度体系与政策体系；通过主流媒体教育宣传、组织开展各类培训和提高公众参与意识等。这些都为渔业生物物种保护技术顺利实施提供基础。

对中华鲟物种保护工作是中国渔业生物物种保护领域中较为成功的案例。法律层面，1988年《野生动物保护法》出台，将中华鲟列入国家一级保护动物名录，严格执行全江禁捕，最大限度地保存了产卵种群。科研层面，通过系统研究中华鲟资源动态、自然繁殖生态、遗传多样性，以及人工繁殖技术相关的受精生物学、幼鲟营养需求、产后亲鲟摄食、精液超低温保存、规模化苗种培育和病害防治等内容，形成了一整套完整有效的中华鲟物种保护技术体系。实地保护层面，结合中华鲟自然保护区建立、人工增殖放流活动，稳定了中华鲟种群数量。公众参与层面，开展了广泛的宣传和教育活动，全社会保护中华鲟的意识日益提高。在全方位的共同努力下，中华鲟物种数量已开始回升。