生于东京。因父亲工作关系，1926年搬到中国大连。1933年父母离婚，远藤周作跟母亲回日本在兵库县西宫市住。1936年中学生时候受了伯母影响受洗礼皈依基督教（天主教）。1943年考上庆应义塾大学预科，1948年庆应义塾大学文学部法文科毕业。学生时对G.贝尔纳诺斯、F.莫里亚克等法国天主教文学感兴趣，1947年大学毕业以前发表文学评论。1950～1953年赴法国留学。因生病提前结束留学开始发表小说，1955年获得芥川奖。远藤周作的作品聚焦于日本社会的精神状态和基督教的相克，受到国内外尤其是欧美国家很高的评价。远藤周作同时也发表很多幽默小说。

作为剧作家，远藤周作创作出《黄金国》（1966）、《蔷薇馆》（1969）等剧本。其中《黄金国》取材于江户时代初期江户幕府禁令基督教情况下基督教徒伪放弃信仰的事件，《蔷薇馆》描写的是第二次世界大战期间日本基督教徒的苦恼。这两部剧本都由芥川比吕志导演演出，获得了成功。