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生物工程

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蛋白质分子设计/ protein molecular design // protein molecular design /

基于已知结构的蛋白质，依据相关的生物学实验基础，选择合理的分子模拟技术及相关数理统计方法（例如分子力学、分子动力学、蒙特卡罗模拟以及数值和非数值优化技术等），从理论上设计合适的蛋白质突变体，为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案的方法。

蛋白质从头设计/ protein ab initio design /protein ab initio design
蛋白质分子设计
根据预先设定的结构或功能目标去设计氨基酸序列的方法。又称全新蛋白质设计（de novo protein design）。
模拟序列筛选/ screening sequences in silico /screening sequences in silico
蛋白质理性设计
针对重要疾病特定靶标生物大分子的三维结构或定量构效关系（QSAR）模型, 从现有小分子数据库中搜寻与靶标生物大分子结合或符合QSAR模型的化合物, 进行的实验筛选研究。又称虚拟筛选（virtual screening）。
虚拟突变/ virtual mutation /virtual mutation
蛋白质理性设计
利用计算方法对氨基酸或基因进行突变，用于预测或设计蛋白质功能的技术。又称模拟突变或计算突变（computational mutagenesis）。
蛋白质理性设计/ protein rational design /protein rational design
蛋白质理性设计
基于对蛋白质序列、结构、功能和分子机制的认知，通过计算机辅助精确设计，采用取代、插入或缺失等手段改变蛋白质分子中特定的氨基酸，对蛋白质进行改造，使其获得新功能的方法。
蛋白质分子拼接/ protein molecule splicing /protein molecule splicing
蛋白质理性设计
对来源于不同蛋白质的结构域或肽段进行剪裁、拼接、组装，以便能够改变蛋白质的性质和功能，获得具有新功能的蛋白质分子的过程。又称分子剪裁。
分子对接/ molecule docking /molecule docking
蛋白质理性设计
从已知结构的受体（靶蛋白或活性位点）和配体出发, 通过化学计量学方法模拟分子的几何结构和分子间作用力来进行分子间相互作用识别，并预测受体-配体复合物结构的方法。
分子动力学/ molecular dynamics /molecular dynamics
蛋白质理性设计
可以对溶液中的蛋白质等大分子的构象进行模拟，从而研究蛋白质构象随时间变化的过程的结合物理、数学和化学的综合技术。
蛋白质二级结构预测/ protein secondary structure prediction /protein secondary structure prediction
蛋白质理性设计
根据蛋白质一级序列的知识来预测蛋白质二级结构的生物信息学技术。
分子热力学/ molecular thermodynamics /molecular thermodynamics
蛋白质理性设计
在分子水平上研究体系各种宏观性质之间的关系，讨论物理、化学以及生物等各种自然过程中不同形式间的能量转换以及过程发生的方向和限度的学科。
酶切位点预测/ protease cleavage sites prediction /protease cleavage sites prediction
蛋白质基本理化性质预测
根据蛋白酶的裂解特异性信息，对目的蛋白质序列中可能的蛋白酶切割位点的预测。

蛋白质分子设计/ protein molecular design // protein molecular design /

蛋白质从头设计/ protein ab initio design /protein ab initio design

模拟序列筛选/ screening sequences in silico /screening sequences in silico

虚拟突变/ virtual mutation /virtual mutation

蛋白质理性设计/ protein rational design /protein rational design

蛋白质分子拼接/ protein molecule splicing /protein molecule splicing

分子对接/ molecule docking /molecule docking

分子动力学/ molecular dynamics /molecular dynamics

蛋白质二级结构预测/ protein secondary structure prediction /protein secondary structure prediction

分子热力学/ molecular thermodynamics /molecular thermodynamics

酶切位点预测/ protease cleavage sites prediction /protease cleavage sites prediction